当HYDRA（九头蛇）的秘密彻底暴露于天下，该剧的剧情脉络也得以在这一宏大背景下全面铺开。在《神盾局特工第二季》中，随着神盾局最高层惨遭极端分子集团九头蛇的渗透与瓦解，整个组织元气大伤。新任局长科尔森（Coulson）接手了这支风雨飘摇的队伍，他和他的精英特工团队瞬间沦为全球范围内的「通缉犯」。在九头蛇组织的穷追不舍下，他们能够调动的资源已捉襟见肘，但这绝不足以阻止他们继续「为世界的和平与安全而战」——毕竟，那些已知的阴谋与未知的神秘事件，依旧威胁着世界的存亡。作为漫威电影宇宙的重要一环，这一季的整体基调相比前作更加黑暗且充满悬念。从1945年卡特特工缴获的084号神秘物品，到刀枪不入的身份不明杀手，神盾局小组成员——包括科学家、黑客、作战及间谍专家等——面临着前所未有的生死考验。和“复联”中那些一线超级英雄不同，这些特工大都是肉体凡胎，却不得不在绝境中寻找真相。对于骨灰级美漫迷而言，剧中不仅埋伏着无处不在的彩蛋与惊喜，那些离奇神秘事件的开篇更是一如既往地扣人心弦。在这场没有退路的暗战中，科尔森和他的团队将倾尽全力，去处理那些全新的、陌生的、未知的机密案件，在黑暗中重新点燃神盾局的希望之火。