任职于新宿区政府的宫古新，本应成为一名按部就班的普通公务员，却被意外调遣至一个东京23区无人知晓的神秘部门——“夜间地域交流课”。这里的工作内容非同寻常：专门解决由各类妖怪引发的超自然事件。在这个隐藏于世俗之外的科室里，宫古新与看似轻浮却背负着沉重过往的业务队长榊京一，以及狂热痴迷于超自然现象、热衷于收集魔导书与异界生物样本的姬冢圣央成为了同事。原本对非人者存在毫不相信的宫古新，在录用考试中被暗中做了手脚才被分配至此，更在尚未察觉之际觉醒了名为“砂之耳”的特殊能力。面对超越人类常识的妖异存在，他与性格各异的同事们日夜出勤，在繁华都市的暗影中穿梭，共同处理着一桩桩奇幻诡谲的超自然案件。
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