隋朝末年，天下大乱，群雄并起，战火连绵，百姓深陷水深火热之中。十三个出身迥异的平民百姓，皆因乱世遭逢家破人亡的绝境。历经无数腥风血雨，他们满怀家仇国恨遁入空门。然而，黑暗势力依然步步紧逼，在死亡的阴影下，他们为求自保苦练武功。为了天下苍生与太平盛世，这十三位武僧毅然救护明君李世民，合力剿灭凶残的王世充，谱写了一曲气壮山河的英雄赞歌。太尉王世充野心勃勃，妄图篡位夺权，挟持幼主杨侗，大肆屠杀异己。视天下武林人士为心头大患的他，悍然下达“禁武令”。其侄子王仁则与义子王仁义皆武功高强，甘当其爪牙鹰犬。短短一个月内，洛阳武林惨遭浩劫，神剑山庄、白猿圣手、霸王枪、龙爪派、银钩门等门派几近覆灭。最终，屠刀指向了与世无争的方外净地——少林寺。少林寺武术总教头昙宗武功冠绝武林。王世充为收为己用，命王仁则强邀昙宗，并设下“板凳阵”、“内功”、“机关”与“蒺藜阵”重重考验，妄图聘其为首席教头。昙宗一心向佛、淡泊名利，婉言谢绝。王世充恼羞成怒，竟将八年前谋害江都督造张衡一家的灭门血案嫁祸给昙宗。致使张衡长子张天保背负暗器箱夜闯少林，暗放毒蛇，三番两次欲置昙宗于死地。王世充更买通卖艺人佟锐、佟铃兄妹，设下夺命陷阱谋害昙宗。为充填金库，王世充假公济私抄没洛阳首富高达一家，残杀高家三十六口，唯独高家浪荡公子高飞扬侥幸逃脱。为报血海深仇，高飞扬遁入深山学艺。面对王世充的无情追杀，慌不择路的高飞扬闯入魏王李密军营，结识了憨厚的大块头九斤与一代枭雄程咬金。岂料李密后竟投向王世充，高飞扬随程咬金、秦琼及九斤委曲求全，寄身虎穴，在危机四伏中命悬一线。佟锐、佟铃兄妹本在洛阳卖艺为生，偏偏被性好渔色、蛮横霸道的王仁则盯上，处心积虑欲霸占佟铃。幸得朴实农民周锦福相助，佟铃暂避一劫。与兄长失散的佟铃无依无靠，住进周家，两人耳鬓厮磨日久生情，正及论及婚嫁时却撞见兄长。佟锐极力反对婚事，此时佟铃再次被王仁则掳走，她抵死不从，被逼自尽。王仁则的恶行令佟锐与周锦福痛恨不已，两人虽武功不济，却滋生出强烈的报仇之火。王世充荒疏政事，听从江湖术士桓法嗣之言残害忠良，图谋篡位；而桓法嗣表面辅佐，实则暗中加速其灭亡。彼时，昙宗敏锐察觉烽烟四起、天下大乱，为保寺济民，创立了由八卦与五行组成的“罗汉奇门棍阵”。此阵须齐聚十三人，昙宗边躲避追杀边寻觅可造之材，历尽艰险，终收录农民周锦福、官宦子弟张天保、落魄大少高飞扬、江湖艺人佟锐、阴沉术士桓法嗣、嗜武如狂的姚汉武、憨直马弁九斤、改邪归正的王仁义，以及少林寺僧丰、僧满、道广、智守与昙宗本人，终成棍阵！张天保与王世充之女王玉凤青梅竹马，早有婚约。当年王世充为博隋炀帝宠信杀害张衡一家，长子张天保侥幸逃脱，王世充却别有用心地留下其弟张天永，改名为“王仁义”。一场情人诀别与兄弟相残的悲剧就此上演，令人刻骨铭心。李世民为救民于水火，领兵讨伐洛阳。王世充闭城不出，两军隔河对峙。李世民率秦琼、程咬金微服渡河刺探军情，不料被王仁义擒获。王仁义借此立下大功，野心愈发膨胀，企图先成郑国驸马，再除王仁则以登大位，最终收拾王世充报家仇。可惜事迹败露，功亏一篑。为促天下早日太平，昙宗自告奋勇率弟子冒死潜入洛阳营救李世民。师徒十三人冲进机关遍布、步步杀机的固若金汤之天牢。随后，昙宗请缨率领弟子施展少林绝技攀越城头，直入王宫劝王世充放下屠刀、立地成佛。王世充执迷不悟，命大队禁军狙杀，一场惊心动魄的恶战就此爆发。正如历史所证：没有十三棍僧，便没有大唐王朝。唐军获得空前大胜，李世民封昙宗为“大将军”，邀其与十二僧随军征讨。然昙宗清心寡欲，不愿为官，情愿回归少林寺重整寺院、振兴少林武学。其高风亮节，不仅令李世民钦佩不已，更令世人永远景仰！