《仙剑奇侠传三》的故事发生在《仙剑奇侠传》第一代的五十年前。彼时，李三思刚刚降生，巫后尚在襁褓，剑圣还未拜入蜀山修仙。故事的起因，源于锁妖塔顶端突然坍塌、封印解除，而更深层的因果，却要追溯到千年前的神界。神将军飞蓬与魔将军重楼因两界冲突屡屡交手，难分胜负，逐渐生出惺惺相惜之意。重楼邀飞蓬前往新仙界决斗，飞蓬经不起诱惑答允。两人旷日持久的比试惊动天庭，飞蓬因感知天兵捉拿而分心，佩剑被打落人间，最终落败被贬。光阴荏苒，飞蓬历经多次转世，成为了渝州城永安当的小伙计景天，虽身份平凡，内心却渴望成为蜀山大侠。魔将军重楼在魔界窥探人间，发现昔日对手的转世竟如此微末，遂滋扰蜀山，毁坏锁妖塔，取走了飞蓬在人间第一世——姜国太子龙阳所铸炼的魔剑。与此同时，景天与唐门大小姐唐雪见因随身玉佩的相互吸引，热闹而又尴尬地相识，成了一对欢喜冤家。两人皆来历不凡，身藏几世的秘密。随着雪见家族的剧变，二人阴差阳错步入江湖的血雨腥风，卷入了雪见家族内部斗争以及唐门与霹雳堂的争斗之中。重楼寻到景天发起挑战，并将魔剑交予他，从此彻底改变了景天的生活轨迹。在惊险的江湖前程中，他们结识了蜀山大弟子徐长卿及其未婚妻紫萱，而一直隐藏在魔剑中的鬼魂也化身而出——她正是龙阳的妹妹龙葵。等待这群身负重大责任的有缘人的，将是一段波澜壮阔、险象环生的奇幻江湖之旅。