故事紧接上一季的余波，忍者们刚刚离开神秘岛，妮娅的水系元素力量却突然失控。在探寻力量失控原因的过程中，他们意外捕捉到了一股来自深海的神秘能量波动。循着这股能量，忍者们潜入水下五千英寻的深海，闯入了无尽大海神殿。这座幽暗的海底宫殿中，栖息着众多被称为“莫罗匹恩人”的海怪，它们由忠厚的章鱼怪特里玛领导。然而，特里玛的儿子卡尔玛却生性邪恶，野心勃勃。他妄图集齐风暴护身符与海浪护身符，唤醒沉睡的远古海上巨蟒“沃杰拉”，借此释放出足以毁灭一切的惊人破坏力。为了达成这一阴险目的，卡尔玛不惜害死自己的父亲特里玛，并将罪名嫁祸给忍者们。在成功夺取两枚护身符后，卡尔玛如愿唤醒了沃杰拉，汹涌的海水瞬间倒灌，彻底淹没了忍者城。面对被洪水吞噬的家园，忍者城居民陷入了极度的危难之中。在绝境之下，本多玛挺身而出，奋力击碎了卡尔玛的权杖。卡尔玛因此失去了对巨蟒的控制，最终自食恶果，被暴走的沃杰拉一口吞食。为了彻底终结沃杰拉带来的毁灭灾难，妮娅做出了悲壮的抉择。她不顾自身安危，将自己的生命与浩瀚的海洋融为一体。在巨大的自我牺牲下，妮娅成功击败了海上巨蟒，并将肆虐的海水引出了忍者城。而她自己，则永远地留在了那片深邃的海水之中。