在前作主人公圆堂守率领日本代表“闪电日本队”于FFI世界大会夺冠的十年后，对足球满腔热血的少年松风天马，怀着对圆堂等“闪电十一人”的强烈憧憬，考入了雷门中学并加入了雷门足球部。然而，如今的足球界已被名为“第五部门”的组织所操纵，比赛胜负皆被暗箱操控，曾经那般纯粹的绿茵激情已荡然无存。突如而来的暗云将天马等人卷入未知的漩涡，一场蓄谋已久的悲剧就此拉开序幕。为了夺回那个充满热情的“真正的足球”，以天马为首的雷门十一人在担任雷门足球部教练的圆堂守带领下挺身而出！在“第五部门”暗中操控的“Holy Road”大赛中，雷门十一人无视早已被安排好的胜负指令，毅然选择在赛场上奋力踢出属于他们的真正足球。随后，队伍被强行命令前往“神之伊甸”——一座为了培育强大足球选手“种子”而存在的神秘宽阔孤岛，参加残酷的强化合宿。在那里，迎候他们的是打着“究极”名号的种子队伍。雷门十一人不慎落入陷阱，被强制展开了与种子队的激烈对决。神童拓人的“奏者大师”、剑城京介的“剑圣兰斯洛特”，以及天马的“魔神天马”等化身相继觉醒，化身使之间的激战不断升级！面对种子们布下的重重陷阱，“第五部门”圣帝石户修二的真正目的究竟是什么？为了取回真正的足球，雷门十一人的热血战斗，现在正式打响……！