《少女爱上姐姐2～二人的ELder～》 故事发生在前作主角们毕业后的圣应女学院。主人公御门千早是一位容姿端丽、文武双全的银发美少年。因为祖上有欧洲血统，他拥有着比女生更娇美的外貌。然而，这份特殊却使他成为了众人好奇与排挤的焦点。更令他深受打击的是，身为外交官的父亲那些令人无法理解的行为，导致他对男性产生了严重的不信任感。敏感的千早总是避开愿意亲近他的人，久而久之，这种男性不信逐渐演变成了对人性的彻底失望。他失去了笑容，甚至最终拒绝上学。 眼看千早日渐封闭，母亲妙子采取了强硬手段，迫使千早转学进入自己曾经就读的圣应女学院。于是，千早不得不化名为“妃宫千早”，以女装的姿态开始了全新的女校生活。 在学院里，千早与曾经在街头被搭讪时救过自己的少女——薰子奇迹般地重逢，两人就此展开了温馨的同居寮生活。凭借倾国倾城的美丽容颜、嫋雅温婉的举止以及出类拔萃的优异成绩，化身为“妃宫千早”的他很快便在校园中崭露头角，逐渐成为全校学生瞩目的焦点，一段属于女装少年与少女们的崭新物语就此拉开帷幕。