东京都内接连发生离奇命案，所有受害者的遗体上均留有神秘的"X"字样痕迹。本该负责此案刑警安堂源次（安田显 饰）却被无情排除在搜查阵营之外，只因警方高层认定，此次连环凶案极有可能便是当年致使安堂妻子惨遭杀害那起未结悬案的同一凶手所为。
为了暗中查明真相，安堂避开搜查本部的视线，私下向被誉为天才科学家的神保仁（田中圭 饰）请求协助。
然而，神保对案件侦破毫无兴趣，其特立独行的行事做派与奇想天外的言辞，更是令安堂整日被折腾得团团转。但随着接触的深入，这对性格迥异的搭档竟渐渐生出默契。两人携手续写这场孤独的DNA搜查，最终竟发掘出连搜查本部都未曾察觉的"隐秘痕迹"。
就在真相初露端倪之际，"杀人鬼X"再度伸出魔爪，引发了更为骇人的连环杀戮……
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