故事发生在1999年，那个充满不详气息的世纪之末。坐落在长野县皆神山深处的私立华德斯坦学院，由于频频发生灵异事件，被外界冠以“超自然学院”的诡异名号。1999年7月，老校长神代纯一郎不幸离世，学院随之迎来了它年轻强势的新一任掌舵人——神代玛雅（日笠阳子 配音）。 玛雅虽因幼年家庭变故而对超自然学说深恶痛绝，绝对不相信鬼神与神秘力量的存在，但此行重返深山学院，正是为了调查父亲死亡的幕后真相。就在她接任院长之际，一位名叫内田文明（水岛大宙 配音）的神秘男子从天而降。刚刚登场的内田，便抛出了让玛雅大惊失色的惊人之语——他居然自称是时空特务，来自未来的2012年！为了掩人耳目，内田伪装成名为“安倍实”的日本史教师，成为了玛雅的班主任。一个是崇尚极权、性格冷酷的S级院长，一个是形迹可疑、胆小却怀揣秘密的未来人，两人由此结成了奇妙的同盟。 这个形迹可疑的男子所言究竟是荒诞疯语，还是不可回避的未来预言？2012年的世界又将面临怎样毁天灭地的绝望景象？随着学院内一连串超自然意外事件的不断发酵，玛雅逐渐开始相信内田的说辞。而内田跨越时空回到过去的真正使命，以及那个关乎全人类存亡的终极危机，也终于在重重迷雾中渐渐浮出水面……