——虽然很突然，但世界已经灭亡了。
1000年前一度毁灭的地球，由名为“Y”的传说中时钟技师以时钟装置再构筑而成，迎来了全新的姿态。在这个由精密齿轮咬合驱动的星球上，成绩吊车尾的高中生·见浦直人，某天家里突然坠落了一只神秘的黑色箱子。箱中沉睡着的，正是“Y”所留下的初期型自动人偶少女——琉紫。
随着直人凭借惊人的听觉将其体内损坏的“虚数运动机关”修复，沉寂206年之久的琉紫重新启动，并将直人认作主人。与此同时，天才时钟技师少女·玛丽也出现在了他们的面前。当三人的能力与命运相互咬合时，停滞已久的齿轮终于再次开始转动。
这是一个在不断的破裂与延命中，将即将崩坏的地球（“时钟机关之星”）修复的时钟朋克·幻想剧！
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