十年前，冬木市爆发了一场几乎毁灭世界的大灾难。孤苦无依的卫宫士郎被魔术师卫宫切嗣所救，并成为其养子。
十年后，士郎为了履行与已故养父之间的约定——成为“正义的伙伴”，每日坚持不懈地进行着魔术锻炼。
在传说中，圣杯是可实现持有者一切愿望的万能之物，而为了争夺圣杯所进行的仪式便被称为“圣杯战争”。在这场厮杀中，七位由圣杯选出的魔术师（Master）将与七位英灵（Servant）结下契约。英灵被分为七个职阶，以使魔的身份被召唤现世。最终能获得圣杯实现奇迹的，只有唯一的一组胜者。
偶然的一天，士郎意外卷入了这场残酷的对决之中。他深知，十年前那场险些毁灭一切的大灾难，正是由“圣杯战争”所引发的。为了阻止悲剧再次重演，士郎偶然与英灵中的剑士——Saber订下契约。伴随着命运的交汇，卫宫士郎与Saber并肩投身于这场充满危险与艰辛的圣杯战争之中。
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