2010年11月，“β世界线”。
主人公冈部伦太郎跨越了无数的苦难与悲哀，在经历无数次时间跳跃的折磨后，终究还是做出了放弃拯救“她”的悲痛抉择。跌落失意谷底的他，舍弃了“凤凰院凶真”的狂气之名，心灰意冷地逃避着残酷的现实。
然而，担忧着他的同伴们并未就此离去。没能得到拯救的“她”——牧濑红莉栖，其记忆与存在将以另一种形式牵动着未来的走向。
伴随着比屋定真帆、椎名篝等新角色的登场，以及人工智能“AMADEUS”的介入，一场交织着绝望与希望的全新抗争悄然拉开序幕。
在失去与悔恨的废墟之上，为了抵达那命运石之门的世界线，“零”之物语由此描绘而成。
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