在东京都西部被分割出来的“学园都市”中，超能力开发被列为学校课程的一部分。在这座拥有二百三十万人口、其中八成为学生的最先进科学引导之城中，学生们每天都在超能力开发上进行着相互竞争。根据能力高低，分为从无能力（Level 0）到超能力（Level 5）的六个等级。 故事的主角上条当麻是学园里的一个无能力者，但他并非完全没有能力——他的右手拥有能够将一切异能之力无效化的力量，甚至连上帝的奇迹都能抹杀，他将这种能力命名为“幻想杀手”。也正因为这只右手似乎连神的祝福都一并抹杀掉的缘故，导致他一直过着不幸的生活。 某一个暑假的日子，上条当麻的阳台栏杆上出现了一位像被单一样挂在上面的少女。在这座超能力可以通过科学技术创造的学园都市中，这种非现实的情节让他大吃一惊。这位身穿修道服的少女自称“茵蒂克丝”，从魔法的世界逃了出来，正被魔法师追杀。她自称因拥有十万三千本魔导书而成为目标，而上条当麻也凭借自己的右手认定了少女口中魔法存在的真实性。 少女以危险为由离开了上条家，上条如往日一般去学校学习。然而放学回家后，他却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。随后，上条当麻用右手破坏了茵蒂克丝由于魔导书强制读取而暴走的“自动书记”，成功拯救了她。 在科学与魔术交叉的世界中，掌握了十万三千本究极魔法书的少女与拥有抹杀一切奇迹之右手的少年，他们波澜壮阔的故事就此开始。