故事发生在二十一世纪末，彼时魔法早已不再仅存于神话与传说之中，而是与科学体系相融合，成为了一项被系统化应用的现代技术，更是衡量国家实力的关键要素。为了培养这方面的高端人才，国家特意成立了国立魔法大学附属第一高校。在这里，成绩优异的“一科生”被冠以“花冠”之美誉，而作为替补的“二科生”则被戏称为“杂草”。西历2095年的春天，新生入学的季节。司波达也（中村悠一 配音）与妹妹司波深雪（早见沙织 配音）一同迈入了这所精英学府。妹妹深雪是完美无缺的优等生，位列能力优秀的“花冠”之列；而兄长达也则是拥有着某种缺陷的劣等生，作为替补的二科生“杂草”存在。无论面对何事都抱有乐观态度的劣等生兄长，与对他抱有超越血亲情感的优等生妹妹，两人的结伴入学，打破了校园原有的平静。在充满未知的学园生活中，兄妹二人结识了一群性格各异的有趣同伴——个性大大咧咧、不拘小节的千叶艾丽卡（内山夕实 配音）；文静胆小却心思细腻的柴田美月（佐藤聪美 配音）；正直勇敢的西城雷欧哈鲁特（寺岛拓笃 配音）；以及认真努力的吉田干比古（田丸笃志 配音）。随着学习与日常的推进，这所平稳的精英学院逐渐卷入骚乱的日常。而在层层交织的校园生活背后，那些被精心隐藏的秘密与真相，也在逐渐向他们揭晓……