故事发生在并不遥远的未来，现实世界看似波澜不惊，但各地频发的异生兽作乱报告却暗藏危机。为了在暗中解决这一威胁，世界性防卫组织TLT应运而生，其日本支部TLT-J下属的精锐部队——夜袭队（Night Raider），凭借着强大的武力与尖端武器，肩负起秘密消灭异生兽的中坚重任。然而，当进化后的新型异生兽突然现身时，这支拥有骄人战绩的特种部队也陷入了苦战。就在这命悬一线的关头，光之巨人奈克瑟斯奥特曼与其适能者姬矢准（桐岛优介 饰）赫然登场。奈克瑟斯利用相位的褶曲创造出专属的战斗空间“美塔领域”，在巨大化后将异生兽拉入其中展开激战，TLT的特殊飞行器亦可合体进入该空间与奥特曼并肩作战。与此同时，TLT新进队员孤门一辉（川久保拓司 饰）在目睹了奈克瑟斯震撼人心的力量后，对奥特曼的起源、姬矢准神秘的过往乃至整个组织的黑暗秘密产生了深深的疑问。在与姬矢准建立起深厚友谊的过程中，孤门一辉一步步揭开着被重重迷雾掩盖的残酷真相。