很久以前，在人迹罕至的深山中，矗立着人类最前沿的研究中心。某日，研究用的主控电脑突然觉醒自我意识并陷入暴走，人类费尽千辛万苦才阻止了这场危机，勉强取回了和平……看起来是这样的。回归和平生活后，为了预防敌人再次暴走袭来，人类准备了巨大机器人，并选拔出战士们进行严苛训练。某日，这一天终于来临了。然而，在一个毫无征兆的日子里，地球上空突然出现一艘黑色的海盗船。船上乘坐的竟是宇宙帝国“残虐”的新任司令官巴卡斯·基鲁，以及本应守护地球的海贼战队豪快者。令人难以置信的是，凭借顽强的斗志和无可匹敌的正义感得到历代超级战士认可的第35代豪快者，竟调转枪头，成为了特命战队Go-Busters最强的对手。为了争夺蕴藏着宇宙间最强大力量的联者钥匙，两队超级战士展开殊死搏杀。最终，五把钥匙集结完毕，一股神秘力量却将战士们吞入未知的空间。站在袭来的敌人们面前的队伍，就是特命战队Go-Busters！！海贼战队与残虐联手的背后究竟隐藏着什么秘密？他们的战斗，现在开始！