日暮戈薇，一个就读于国中三年级的15岁普通少女。某日，她偶然通过家中神社的食骨之井，穿越时空来到了500年前的日本战国时代。彼时狼烟四起，妖怪横行，世间大地生灵涂炭。在御神木下，戈薇邂逅了被封印的半妖犬夜叉。时光倒转回50年前，意欲变成真正妖怪的犬夜叉，为了得到四魂之玉结识了拥有强大灵力的巫女桔梗。在不断的交锋与相处中，桔梗发现了犬夜叉粗鲁外表下的善良，犬夜叉也看到了桔梗孤高外表下渴望被爱的心。命运的红线将两人牵引到了一起，犬夜叉因此希望借玉之力变成人类，而桔梗也打算在净化完四魂之玉后回归平凡生活，与爱人相守终生。然而，悲剧就此拉开序幕。对桔梗心存邪念的盗贼鬼蜘蛛，将灵魂和肉体出卖给众多妖怪，转生变成了邪恶的半妖奈落。在他的暗中挑拨与设计下，犬夜叉与桔梗误以为遭到对方的背叛。悲愤的桔梗用最后一口气将犬夜叉封印在神木之上，令其陷入永远的长眠，重伤的桔梗也在悲伤绝望中选择与四魂之玉一同火化，随风消逝。50年后，桔梗灵魂转世的戈薇解救了犬夜叉，却不慎在战斗中将四魂之玉射成无数碎片，散落于战国时代的各个角落。为了找回碎片，戈薇与犬夜叉，以及随后相遇的伙伴——小狐妖七宝、好色的法师弥勒、驱妖师珊瑚，共同踏上了充满艰难险阻的奇幻冒险旅途……