《12 Monkeys》（十二猴子）第二季强势回归！同1995年的经典电影版一样，本剧依然围绕男主科尔被派往过去的时空穿越任务展开。他必须拼尽全力阻止“12只猴子军”研制致命病毒，以期挽救日后因感染而惨死的绝大部分人类。在紧张刺激的第二季中，跨越时空的冒险与阴谋进一步升级：1944年：暗杀与预言的交锋“十二猴子”的信徒返回1944年酝酿阴谋，奉命刺杀克劳福德教授。瑞丽陪伴科尔穿越回这一年以阻止刺杀行动。然而，在一场大学宴会上，他们未能及时阻止信使施展美人计。科尔意外发现死者并非真正的克劳福德教授，信使真正的目标是其拥有预言能力的儿子——托米。尽管托米凭借预知能力一度避开追杀，但信使却绑架了科尔，并用托米的遗骨将其残忍杀害，恐怖的“红色森林”由此在未来诞生。未来时空：风暴、背叛与命运觉醒时空风暴开始席卷科学站，科尔希望回到1957年阻止时间悖论。拉姆齐发动袭击试图控制时光机器寻找“泰坦”，科尔却无法对他痛下杀手。走投无路之下，科尔向詹妮弗求助，女儿军团随即点燃战火重新夺回科学站。然而，迪肯与拉姆齐打斗时却开枪误杀了詹妮弗，愤怒的女儿军团誓要血洗科学站。为了挽救危局，科尔将2016年的年轻詹妮弗带到未来。年轻的詹妮弗见到了濒死的自己，并得知了结局的秘密，她毅然决定穿越时空风暴，追杀那个操纵一切的“见证者”。