过去，在被称作冬木的城市，曾举行过由七位魔术师与英灵参加的“圣杯战争”。
然而，趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯——
数十年过去，千界树一族高举那个圣杯为象征，叛离了魔术协会，宣布独立。
愤怒的魔术协会为此派遣了刺客，但他们却遭到了召唤出的Servant的反击。
围绕着重现于世的圣杯，规模空前的十四名从者大战就此拉开帷幕。在这个被改写的圣杯战争规则下，红黑两大阵营展开了激烈的厮杀。而在这场混战之中，一位本不该存在于此的无铭从者悄然降临，卷入了这场超壮大的命运之战……
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