近未来的日本，一座名为“疏濑”的静谧城市里，市民们日复一日地过着波澜不惊的生活。然而，在城市边缘的山冈之上，医疗机器制造厂建造了一座外形酷似熨斗的奇特工厂。每天到了固定的时刻，这座工厂便会如刚熨烫完衣物般，向天际喷吐出大量蒸汽。小学六年级的少年直太，与哥哥留学期间留下的高中女友真见美，常常在河畔百无聊赖地打发着时间。本该如同往常般继续流逝的平凡日常，却随着传说中“蜜蜂女”——睛子的登场被彻底粉碎。睛子驾驶着狂飙的电车呼啸而来，重重撞向了直太，竟让直太的头上长出了奇怪的角！不仅如此，这位行事乖张的睛子竟顺水推舟，以女佣的身份堂而皇之地住进了直太家中。睛子身上隐藏的秘密，以及她口中常常念叨的“FLCL”究竟意味着什么？这一切未知，正令直太的生活发生着翻天覆地的改变……
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